Bioinformaticien·ne – Curation et gestion de données

Ferlab | Bioinformatique 

Une équipe du CHU Sainte-Justine  

Composé de plus de 200 chercheurs reconnus, le Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine est le plus grand centre mère-enfant au Canada et l’un des plus importants en Amérique. Au service des enfants atteints de maladies rares, cancers et autres conditions médicales graves, les applications logicielles que l’équipe Ferlab du CHU Sainte-Justine développe servent à optimiser l’utilisation des données massives de santé pour la recherche et ainsi contribuer à l’amélioration des traitements et diagnostics des petits patients du CHU Sainte-Justine et partout dans le monde.  

Bioinformaticien·ne – Curation et gestion de données 

Nous recherchons un(e) bioinformaticien(ne) pour assurer la curation et la gestion des données du Centre québécois de données génomiques (CQDG), une infrastructure de calibre international dédiée à l’harmonisation et au partage de données cliniques et génomiques. Le CQDG est un projet en pleine croissance, qui prévoit héberger les données de dizaines de milliers de participants issus de nombreuses études cliniques et de recherche menées au Québec et au Canada. 
 

Votre rôle  

Organisé·e, rigoureux·se et autonome, vous vous joindrez à l’équipe de bioinformaticiens et de développeurs logiciels du CQDG pour recevoir, valider, organiser et harmoniser les données soumises par les études contributrices. Plus précisément, votre rôle consistera à  

• Collaborer étroitement avec les équipes de recherche des études contributrices afin de les accompagner tout au long du processus de soumission de leurs données au CQDG. 

• Gérer les dictionnaires de données du CQDG 

• Assurer la gestion, la qualité, l'organisation et le suivi des données soumises, ainsi que l'exécution des pipelines de validation et de publication en vue de leur diffusion sur le portail du CQDG.  

• Identifier, diagnostiquer et résoudre les problèmes liés aux jeux de données, aux métadonnées et aux scripts d’analyse, en collaboration avec les équipes concernées. 

• Superviser les transferts, l’archivage et la sécurité des données en respectant les cadres éthiques et réglementaires en vigueur. 

• Exécuter des pipelines d’analyse de données génomiques (WGS, WXS, RNA-Seq, etc.) développés et maintenus par notre équipe. 

• Identifier, diagnostiquer et résoudre les problèmes techniques relatifs aux données, aux métadonnées et aux outils d’analyse, 

• Contribuer activement à l’amélioration des pipelines de validation, des processus de curation et des outils de gestion de données, dans une optique de robustesse et d’automatisation. 

Nos stacks techniques 

Au-devant du marché 

Toutes les applications développées par FerLab sont à code source ouvert sur GitHub, nous privilégions d’ailleurs l’utilisation de logiciels Open Source. Agile, nous sommes toujours ouverts à explorer de nouvelles technologies et façons de faire. 
À la recherche des meilleures solutions, nous travaillons avec les plus récentes technologies telles que: Nextflow, Kubernetes, Docker, Python, R, SQL, Elasticsearch, Git, Github, Oauth2, Keycloak, AWS, Openstack, JWT, REST et autres outils d’intégration continue, ainsi que des outils d’IA tels Github Copilot.  

Conditions 
Nous vous offrons des conditions qui s'harmonisent parfaitement avec vos obligations personnelles, pour vous faciliter la vie et non l’inverse ! 

• 35 heures semaine – vous aurez une grande flexibilité dans votre horaire. 

• Sélection libre des vacances – vous débutez avec 4 semaines. 

• 9.6 jours de congés maladie payés (3 en journées personnelles) – toujours pratique quand l’école ferme ou que le petit dernier a le nez qui coule. 

• 13 jours fériés - au lieu de 10 (tel que prévu par la CNESST) – ici, on a 3 raisons de plus de célébrer ! 

• On vous offre un fonds de pension bien généreux – l’un des meilleurs sur le marché, rien de moins. 

• Un régime d’assurance collective et un programme d’aide aux employés – pour vous et votre famille. 

• Une garderie sur place – pour les parents qui souhaitent travailler en présentiel. 

• Possibilité de télétravail. 

• Environnement de travail Linux ou Mac à votre choix 

Nous recherchons une personne ayant : 

• Un baccalauréat, une maîtrise ou un PhD en bioinformatique, informatique, biologie computationnelle ou autre domaine connexe 

• Une excellente compréhension de la bioinformatique, la génomique humaine et des analyses WGS/WXS. 

• Une expérience dans la gestion des données biomédicales et de recherche en santé 

• Une connaissance approfondie des formats de fichiers standards: FASTQ, BAM, CRAM, VCF, gVCF, etc. 

• Une expérience pratique avec des pipelines Nextflow dans des environnements HPC et infonuagiques 

• De bonnes compétences en programmation (Python, Bash, R) 

• Une connaissance des environnements Linux (Cloud est un atout) 

• Un bon esprit d’équipe, une aptitude à résoudre des problèmes et une grande autonomie 

• Un intérêt marqué pour la recherche en santé et les maladies rares